Entre los grandes carnívoros del Centro de Conservación Zoo Córdoba destacan dos especies desaparecidas de buena parte de Europa occidental: el oso pardo ibérico que sobrevive en la cordillera Cantábrica y en ciertos enclaves pirenaicos, y el lobo ibérico subespecie endémica de la península. Aunque el carnívoro más emblemático es sin duda el lince ibérico, el félido más amenazado de todo el continente europeo.

En nuestro Zoo los herbívoros están representados por especies bastante extendidas. Como por ejemplo los cérvidos corzo morisco y el gamo (que se encuentra en puntos de Sierra Morena, cuenca del Tajo y Montes de Toledo); así como poblaciones endémicas de cabras montesas, muflones o jabalíes.

El número de especies de aves en la península ibérica es muy elevado en comparación a otras faunas europeas. Esto es debido no sólo a su diversidad de biotopos, sino también a que diferentes especies propias del norte europeo o del África subsahariana invernan o nidifican en la península. En Zoo Córdoba, contamos con una gran variedad de aves, por ejemplo la cigüeña blanca y la cigüeña negra.

Entre las grandes rapaces destacan carroñeros como los amenazados buitre negro o el quebrantahuesos. También en peligro se encuentra nuestra emblemática águila imperial ibérica. En pueblos y ciudades habitan cernícalos y lechuzas.

Uno de nuestros reptiles más característico es la tortuga mediterránea, cuya mayor amenaza es la tortuga de Florida y otras especies exóticas invasoras (las que inconscientemente se compran como mascotas y acaban liberándose erróneamente en arroyos o ríos).